武汉东湖综合保税区建设管理办公室成立于2012年3月，为武汉市正局级事业单位，委托武汉东湖新技术开发区管理。主要职责是：按照国家和省、市有关法律、法规和政策规定，对综合保税区实行集中统一管理，拟定保税区发展规划并负责组织实施；按照规定的权限，负责保税区内有关规划、建设、管理等事宜；协调派驻保税区的海关、检验检疫等监管部门开展有关业务；承担上级交办的其他工作。内设综合（保税业务）处、规划建设处、投资促进处。 

综合（保税业务）处：负责办公室、政策研究、对外宣传、财务、法务、关务及园区后勤管理。

联系电话（传真）：027-86639316 

规划建设处：负责园区基本建设发展规划和相关实施办法，负责组织编制、报批和实施总体规划及园区基本项目的建设。

联系电话：027-86639339

投资促进处：负责园区的招商引资、招商推介、产业研究、项目引进、企业服务等工作。

联系电话：027-86639389

2012年8月，湖北省科技投资集团有限公司出资组建武汉东湖综保区建设投资有限公司，负责园区国有资产运营管理，开展区内各项建设融资工作。